Bioteknologi mikrobial merupakan aplikasi dari Bioteknologi yang tertua : penggunaan mikroba berupa ragi untuk membuat bir dan wine (anggur).
Dengan memanipulasi mikroba -> dapat menghasilkan enzim yang lebih baik dan organisme untuk membuat makanan, memudahkan proses produksi dan membuat proses dekontaminasi untuk limbah produksi agar lebih efisien lagi.
Mikroba juga digunakan untuk kloning dan memproduksi protein-protein penting yang digunakan sebagai obat untuk manusia, meliputi insulin dan hormon pertumbuhan (growth hormone).